济宁市人民检察院设办公室、人事处、组织教育处、新闻宣传办公室、第一至第八检察部、法律政策研究室、案件管理办公室、检务督察部、检察业务保障部、检察事务保障部、机关党委、离退休干部处等19个内设机构和太白湖新区直属检察处一个派出检察处，共107人。下辖任城、兖州、曲阜、泗水、邹城、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山等11个县（市、区）检察院和城郊地区人民检察院、高新技术产业开发区人民检察院等2个派出检察院。

近年来，济宁市人民检察院在省委、市委和上级检察机关的正确领导下，深入学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，以“争一流、争第一、争唯一”的精神状态，以“激情、荣耀、极致”的工作理念，坚持为大局服务、为人民司法、为法治担当，持续提升党建业务融合度、党委政府认可度、法律同行美誉度、人民群众满意度，检察工作取得新成效。

市检察院先后荣获全国检察机关科技强检示范单位、省级文明单位、省人民满意政法单位、中国新闻宣传优秀单位等荣誉称号。所辖基层检察院先后荣获全国第三届“关爱明天、普法先行”青少年普法教育活动优秀组织奖、第九届全国检察机关“文明接待室”、全国检察委员会规范化建设示范单位、省级文明单位、全省检察文化建设示范院、省级交通安全示范单位、省级档案工作科学化管理示范单位、省级青少年维权岗、全省扫黑除恶专项斗争先进集体等荣誉称号。城郊检察院驻济宁监狱检察室、驻看守所检察室荣获全国检察机关第五届派驻监管场所一级规范化检察室荣誉称号。先后涌现出最高检一等功荣立者马恩茹，全国优秀检察官、省人民的满意公务员、省“三八”红旗手、一等功荣立者宋尚环，全国检察机关优秀公诉人、省人民满意的公务员、齐鲁最美检察官刘娟，省优秀共产党员段成华等先进典型。